La ville de Colmar propose aux mélomanes de la région un cycle de concerts pour animer le centre historique de Colmar pendant les mois d'été, une façon de prolonger le prestigieux Festival de Musique de Strasbourg.
Les programmations musicales estivales étaient alors très rares, et nombreux sont encore ces auditeurs d'alors évoquant avec émotion le cloître des Dominicains, chargé d'histoire et de poésie, qui accueillait ces précieux moments musicaux.

La multiplication progressive des concerts en Alsace, reflet d'une tendance générale, et les limites de la formule « sérénade » suscite une réflexion globale et donne un nouvel essor à l'événement s'intitulant dorénavant « L'été musical ». Les conditions météorologiques aléatoires des mois d'été ont conduit les organisateurs à abandonner le site en plein air des Dominicains et à porter leur choix sur un autre lieu historique colmarien : la chapelle Saint Pierre du Lycée Bartholdi - ancienne chapelle du Collège Royal des Jésuites - construite en 1745 dans le style classique français. Ce nouvel espace acoustique permet la réalisation d'une programmation plus pointue, s'étendant des musiques du Moyen-âge aux compositeurs contemporains, et offrant toujours des interprétations de référence qui placent les auditeurs au coeur des recherches stylistiques les plus engagées.
Sont alors invités des musiciens de renom tels que Pierre Boulez et son Ensemble intercontemporain, les grands quatuors : Alban Berg, Prazak, Hagen, Takacs ; le Concerto Köln, Hesperion XX avec Jordi Savall, Philippe Herreweghe, Franz Brüggen, François-René Duchâble, Andreas Staier. Et le festival sert également de révélateur à de nombreux jeunes talents qui allaient s'affirmer par la suite : Paul Meyer, Marc Coppey, Philippe Bernold, Claire Désert, Cedric Tiberghien Thierry Felix, Jean-Guihen Queyras, les quatuors Ysaye, Sine Nomine, Keller, Kandinsky, et des ensembles tels le Parlement de Musique, le Freiburger BarockOrchester.
Ce cycle musical, d'abord réservé aux formations de musique de chambre, s'est ouvert à des ensembles orchestraux et vocaux plus vastes, comme l'Orchestre National de France dirigé par Yutaka Sado, et il a suscité par ailleurs des enregistrements célèbres : le Requiem de Mozart dans une relecture de Jordi Savall et une partie de la bande musicale de Tous les matins du monde. Les concerts sont alors rediffusés sur les grandes radios nationales.

En 2004, date de la nomination du violoncelliste Marc Coppey à la direction artistique, un nouvel esprit festivalier anime le cycle musical. Ses dates sont resserrées : une dizaine de concerts sont donnés sur cinq jours, dans l'idée de créer une « résidence » de solistes internationaux à Colmar pendant une semaine. Une politique est également engagée en faveur de la création en commandant chaque année une oeuvre à un compositeur d'aujourd'hui et des actions pédagogiques sont menées autour du festival.

Ainsi, en 2004, les Musicales ont proposé de créer un événement musical autour de Franz Schubert sur un long week-end en mars. Fidèles à leurs traditions, d'illustres artistes, mais aussi de jeunes talents ont honoré ce festival renouvelé au cours duquel le «jouer ensemble», cher à Franz Schubert, a pris tout son sens, pour le plus grand plaisir des musiciens et du public.
En 2005, pour sa deuxième édition, c'est à un véritable portrait de l'une des plus grandes figures de l'histoire de la musique qu'offre le festival avec Beethoven, au travers d'une série de onze concerts consacrés à sa musique de chambre.
2006, labellisée pourtant année Mozart, ne sera plus de style « monographique » : il a été décidé d'ouvrir le festival à des mises en regard de plusieurs compositeurs ; ici Mozart, Schumann, Prokofiev ou encore Brahms.
L'édition 2007 poursuivra cette riche expérience, autour de Brahms.